Il Consiglio di Amministrazione è nominato dalla Conferenza degli Enti ed è formato dal Presidente Sergio Bertani e da altri due componenti: il Vice Presidente Michele Rainieri e il consigliere delegato Lucia Mirti.
Dura in carica cinque anni e può essere rimosso e sostituito nei casi e con le modalità previste dall’art. 44,  2° c. della Legge.
I poteri, i doveri e le responsabilità dei componenti del Consiglio di Amministrazione sono regolati dalle norme previste dal Codice civile per gli amministratori di società  per azioni, in quanto applicabili.
Al Consiglio di Amministrazione sono attribuiti i poteri di governo e di gestione dell’ACER che non siano riservati dalla legge o dallo Statuto alla Conferenza degli Enti.
In particolare il Consiglio di Amministrazione:

• predispone i bilanci e gli atti di programmazione, da sottoporre all’approvazione della Conferenza degli Enti;
• delibera le misure organizzative, approvando criteri, procedure, livelli, e, in casi di particolare rilevanza per la struttura, deleghe di responsabilità operativa;
• definisce criteri ed indirizzi specifici di acquisizione ed uso delle risorse;
• verifica i risultati economici e qualitativi delle attività e dei servizi;
• approva il regolamento di amministrazione e contabilità, il regolamento e la dotazione organica del personale e tutti i regolamenti interni.